A 16. század során Gustav Vasa Svédország függetlenségéért küzdött, szembeszállva a Kalmar-unió felélesztését célzó dán kísérletekkel. Vasa a katolikus egyházzal is szembekerült, és megalapította a svéd református egyházat.

Hatalomra kerülése után nem sokkal Gustav Vasa kérést intézett a pápához, hogy a hozzá lojális Johannes Magnust nevezhesse ki Svédország érsekévé Gustav Trolle helyett, akit a Riksdag árulás miatt már formálisan lemondatott tisztéből és külföldre száműzött. Ehelyett a pápa bullát küldött Gusztávnak, melyben felszólította a nyíltan áruló és Vasa-ellenes Trolle visszahívására. Gusztáv a későbbiekben sem tudta meggyőzni a pápát, így végül szakított Rómával, és lutheránus egyházat szervezett Svédországban. Az uralkodó betiltotta a katolikus könyvnyomtatást, és a tizedek túlnyomó részét maga gyűjtötte be az államadósságok finanszírozására. Az egyházújítás mindazonáltal elsősorban adminisztratív maradt, miután a király függetlenítette egyházát Rómától, már nem bajlódott a doktrínák megváltoztatásával. A protestáns egyházatyáknak sem tetszettek azonban Gusztáv abszolutista hajlamai. Hogy ellenállásukat hatástalanná tegye, 1539-40-es rendeleteiben olyannyira megnyirbálta jogaikat, hogy hatalmuk gyakorlatilag névlegessé vált.

Reformáció

Gusztáv elsősorban politikai, másodsorban gazdasági okokból újította meg tehát a svéd egyházat. A nép azonban nagyon is kötődött még a régihez, és ez elidegenítette a királytól a parasztságot – alighanem Európa legöntudatosabb és az érdekeiért leginkább harcolni tudó parasztságát. El kellett tehát fogadnia az alkotmányos berendezkedést, és mindvégig a maga oldalán kellett tartania a parasztokat, hiszen ők ültették a trónra, és készek voltak le is taszítani onnan ha nem a nekik megfelelő módon uralkodott. A katolikus vagyon kisajátítása természetesen feldühítette őket, így Gusztávnak uralkodása alatt vagy féltucat parasztlázadást kellett megfékeznie.

XIV. Erik

Svédország már évszázadokkal ezelőtt próbált terjeszkedni a Baltikum területén, akárcsak közeli szláv (orosz és lengyel) uralkodók. A területet végül a Német Lovagrend igázta le, amelynek hatalma azonban meggyengült a 15. században. 1558-ban kitört a livóniai háború a mai Lettország és Észtország feletti uralomért. Gusztáv halálának évében, 1560-ban épp az oroszok dúlták a Baltikumot. Gotthard von Kettler a livóniai lovagrend vezetője protestáns vallásra áttérve világi államot próbált alapítani Livóniában, de csak az egyik részét sikerült megtartania. Időközben Lengyelország megtámadta Oroszországot, sőt a dánok és svédek is beavatkoztak a háborúba, amely végül Oroszország teljes kizárásával, s Livónia svéd és lengyel felosztásával végződött. A Svédországra eső rész Reval volt, az a terület a mai Észtországban, amely a svéd korona oltalma alá helyezését kérte 1560 márciusában. Svédország azért sem vonhatta ki magát ebből a háborúból, mivel az balti-tengeri kereskedelmének végét jelentette volna, márpedig vagyonának nagy része innen származott. Azonban Oroszországon és Dánián túl egy harmadik ellenséget, Lengyelországot is megszerezte magának. Gusztáv fia és örököse, XIV. Erik (1560-1568) egymás ellen igyekezett hangolni őket. Ehhez félre kellett tenni a Dániával való örökös ellenségeskedést, amelyet III. János király tett meg 1570-ben a Stettini szerződés megkötésével, véget vetve az Északi hétéves háborúnak (1563-1570).

III. János

Az új király küzdelme az orosz sereggel szemben Észtország és Livónia birtoklásáért reménytelen lett volna az elszánt és orosz-ellenes Báthory István lengyel király 1582-es közbelépése nélkül. Az uralkodó megalázó feltételek mellett kényszeríthette békekötésre IV. Ivánt, aki ezek után a svédekkel is fegyverszünetet kellett, hogy kössön. János uralkodása alatt baráti kapcsolatot tarthatott tehát Lengyelország és Svédország. A király a lengyel Jagelló Katalint vette el, házasságuk gyümölcse pedig a későbbi lengyel II. Zsigmond lett. Az apjával kötött megállapodás értelmében János halála után Zsigmond vált mindkét állam uralkodójává, az államok mindemellett megőrizték függetlenségüket, és megőrizték egyházaikat (a katolikus lengyel és a protestáns svéd egyházat).

I. Zsigmond

A svéd nemesség attól félve, hogy Zsigmond – aki lengyel uralkodó is volt – igyekszik majd visszaállítani a katolikus egyház hatalmát, igyekezett megakadályozni ennek lehetőségét, lehetőleg még János életében. A Vasa-ház legműveltebb tagjaként János középutas megoldást keresett, olyat, ami mindkét fél számára kielégítő lehet. Nagy híve volt tehát annak a vallási irányzatnak, amely a protestantizmus egyszerűségét megőrizve kívánt visszatérni az eredeti apostoli egyházhoz. Az 1574-ben és 1575-ben összehívott zsinatokon sikerült nagy nehezen végbevinnie módosításait, és egy évvel később visszatérítette az egyházat egy, a katolikus liturgiára jobban hasonlító istentisztelet irányába, bár a valódi római katolikus modelltől még így is jelentősen el kellett térnie, hogy elfogadtathassa nézeteit.

Számos ellenzője volt e változtatásoknak, a Riksdag 1577-ben mégis jóváhagyta őket. Bár János követséget küldött a Szentszékhez, hogy az ismét felvegye a kapcsolatot a svéd egyházzal, és a jezsuita Antonio Possevino érkezett Stockholmba a helyreállítást felügyelni, a király végül annyi feltételt kötött a katolicizmus visszaállításához, hogy az sosem válhatott teljessé. Bár így sikerült megközelítenie azt a via media irányzatot, amelyet kívánt, protestáns többséget a változtatások mégis ellene hangolták.

1593-ban, János halála után Zsigmond lépett a trónra. Az erősen katolicizmus-ellenes Károly, mint Södermanland hercege zsinatot hívott össze Uppsalában, ahol a Szentírást és a három alapvető krédót sikerült elfogadtatnia a kereszténység egyedüli alapjaiként. Egyúttal elfogadtatta az Augsburgi vallásbéke tanait, avagy az ágostai hitvallást.

Mindez még azelőtt történt, hogy Zsigmond Svédországba érkezett volna, és engedélyt adott volna a zsinat összehívására. Az új király ezt kiváltságainak megsértéseként értelmezte, és az agresszívan szembeszálló protestánsok nem sok teret hagytak a békés megoldás keresésére. Zsigmond hatalma helyreállítása érdekében zsoldossereggel érkezett Svédországba, akik magyarokból, németekből, lengyelekből és angolokból álltak. De Az 1598-as stångebrói csata Södermanland a herceg javára dőlt el (nem is csoda, a svéd nemesek és parasztok túlnyomó többsége ekkor már protestáns volt). Zsigmond soha többé nem tért vissza Svédországba (bár 1632-ig lengyel uralkodó maradt), és a Riksdag IX. Károlyt választotta királlyá.